De la graine à l'outil en passant par la botanique
Augustin Soulard - 04/05/2023
Être botaniste c’est rester des heures en pleine nature la tête penchée vers ses pieds à farfouiller du regard la moindre brindille tout juste sortie de terre et s’en extasier. On passe des heures pour dénicher la plus rare des plus rares, la plus belle des plus belles et crier avec fierté son nom farfelu et compliqué que Linné nous a légué. Oui botaniste c’est faire ça, mais pas que ! Les botanistes les plus aguerris vont pouvoir publier leur inventaire ou autre analyses botaniques de leur lieu de promenade. Cependant, ce partage de connaissance et l'enrichissement de la connaissance de la répartition de la flore fût autrefois réservé à l’élite des botanistes. Les temps changent ! Aujourd’hui on a tous au bout de nos doigts des outils magiques qui nous donnent accès à des connaissances et méthodologies qu’autrefois seule un long apprentissage pouvait nous apporter. Je parle évidemment de nos téléphones, tablettes et ordinateurs. Bien que fortement critiqués pour leurs scélératesses, nous volant notre attention et notre temps, ces outils sont une formidable porte d’entrée vers la botanique. Et cela n’en reste pas là ! Car aujourd’hui même le plus aguerri des botanistes ne ferait rien sans tapoter son fidèle compagnon pour saisir ces données, cartographier un habitat ou prendre des photos des parties intimes de nos chers angiospermes. De l’amateur qui cherche à se former, aux professionnels de la botanique, de nombreux logiciels, outils en ligne ou applications existent pour nous accompagner dans nos activités de botaniste. Dans cet article, je souhaite vous présenter quelques-uns de ces outils qui j’en suis sûr sauront vous ravir !
Commençons par la base, le célèbre PlantNet, celui qui a permi à une génération plus déconnectée de la nature que jamais, de devenir capable d’identifier la majorité des espèces communes et donc d’être bien meilleur botaniste que la majorité de la population avant l'avènement de PlantNet ! Cet outil permet d’obtenir des propositions d’identification des plantes sur photo. C’est aussi un outil de saisie de données botaniques, qui pour certaines données, seront amenées à intégrer les bases de données nationales et pourront être utilisées pour diverses études.
INaturalist et Seek sont deux applications liées, INaturalist offre plus de possibilité pour visualisation des données, mais est plus hostile à l’utilisateur débutant alors que Seek est plus ergonomique. Ces applications disposent d’un module d’aide à l'identification tout comme PlantNet, mais ce dernier s’applique sur tous les taxons (animal, végétal, champignon etc...). Il permet la saisie de données avec un système de validation par la communauté. Son outil de visualisation cartographique est très modulable et permet de faire des filtres en tout genre. Pour les plus mordus de l’informatique, il dispose d’un API pour la récupération automatique des données et des photographies tout autant modulable.
CardObs est l’outil de saisie de données de associé à l’INPN. Il permet de saisir des taxons qui apparaîtront dans la base de données de l’INPN et dans les chorologies des taxons. Récemment, CardObs a ajouté la possibilité d’ajouter des habitats. C’est donc la première base de données à l’échelle nationale qui permet de le faire. Les données peuvent être saisies sous plusieurs formes :
- Des points
- Des polygones
- Des polylignes
- Des rectangles
- Des cercles (qui seront transformés en hexagone)
INPN Espèces est une autre application de saisie de données de l’INPN. Les données saisies sont d'abord transmises sur la base de données OpenObs puis versées à l’INPN. Cet outil est destiné aux naturalistes expérimentés comme aux débutants. En effet, toutes les données sont vérifiées par un expert désigné par la plateforme. On peut rentrer tout type de taxons et l’application accorde des points en fonction des espèces vues, de l’identification qu’on lui donne ou encore si c’est une découverte pour la commune voire le département. Ce score vient gamifier la saisie de données, la rendant plus ludique.
Un peu de cartographie ! Qgis est un logiciel open source de cartographie et permet de faire toute sorte de traitement SIG. Ce qui va nous intéresser ici, c’est qu’il est la version ordinateur de Qfield, un logiciel de terrain, et qu’il est nécessaire de paramétrer son projet sous Qgis pour l’utiliser sous Qfield. Qfield permet ensuite toute sorte de saisie de donnée spatialisée. On peut ainsi faire des polygones, des lignes ou des points selon sa position GPS ou directement sur une carte. Il permet aussi de créer des formulaires relativement poussés, de prendre des photos et d'associer toutes ces données saisies à l’entité géolocalisée. C’est avec cet outil que je fais mes relevés dans le cadre de mon bureau d’étude. Cela me permet de saisir mes espèces, de faire des relevés phytosociologiques ou pédologiques et de dessiner mes habitats et d’y associer diverses informations comme le code EUNIS, les espèces dominantes, la fonction écologique etc... Il s’agit en revanche d’un outil un peu plus exigeant et qui nécessite une bonne pratique avant de pouvoir en profiter pleinement. L’avantage est que Qfield en lui-même est facile à utiliser, le plus complexe étant le paramétrage dans Qgis.
Xper 3 est un outil en ligne pour créer des clefs d’identification interactives en open access. Il est aussi possible d'exporter ses clefs en PDF ou au format HTML. Le principe est de définir une liste d'espèces concernées et une liste de critères à observer. On attribue ensuite aux espèces la valeur pour chaque critère. Par exemple, on pourrait avoir le critère du nombre de pétales et on pourrait lui attribuer une ou des valeurs selon les espèces de notre clef. Xper 3 se charge ensuite de tout pour créer votre clef intéractive. Vous pouvez aussi ajouter des images, mettre une hiérarchisation entre les critères, ajouter des descriptions d’espèces etc… Il est possible une fois la clef terminée de faire différentes analyses pour comparer les critères des taxons de la clef. Enfin, l’application mobile biodiversiClés permet de visionner certaines de ces clefs d’identification directement depuis son smartphone.
Il existe évidemment de nombreux autres outils que je n’ai pas présenté ici, mais cela vous fait déjà un bon échantillon de ce qu’il est possible de faire quand on se penche sur les applications mobilisables pour faire de la botanique.
Être botaniste c’est rester des heures en pleine nature la tête penchée vers ses pieds à farfouiller du regard la moindre brindille tout juste sortie de terre et s’en extasier. On passe des heures pour dénicher la plus rare des plus rares, la plus belle des plus belles et crier avec fierté son nom farfelu et compliqué que Linné nous a légué. Oui botaniste c’est faire ça, mais pas que ! Les botanistes les plus aguerris vont pouvoir publier leur inventaire ou autre analyses botaniques de leur lieu de promenade. Cependant, ce partage de connaissance et l'enrichissement de la connaissance de la répartition de la flore fût autrefois réservé à l’élite des botanistes. Les temps changent ! Aujourd’hui on a tous au bout de nos doigts des outils magiques qui nous donnent accès à des connaissances et méthodologies qu’autrefois seule un long apprentissage pouvait nous apporter. Je parle évidemment de nos téléphones, tablettes et ordinateurs. Bien que fortement critiqués pour leurs scélératesses, nous volant notre attention et notre temps, ces outils sont une formidable porte d’entrée vers la botanique. Et cela n’en reste pas là ! Car aujourd’hui même le plus aguerri des botanistes ne ferait rien sans tapoter son fidèle compagnon pour saisir ces données, cartographier un habitat ou prendre des photos des parties intimes de nos chers angiospermes. De l’amateur qui cherche à se former, aux professionnels de la botanique, de nombreux logiciels, outils en ligne ou applications existent pour nous accompagner dans nos activités de botaniste. Dans cet article, je souhaite vous présenter quelques-uns de ces outils qui j’en suis sûr sauront vous ravir !
PlantNet
Commençons par la base, le célèbre PlantNet, celui qui a permi à une génération plus déconnectée de la nature que jamais, de devenir capable d’identifier la majorité des espèces communes et donc d’être bien meilleur botaniste que la majorité de la population avant l'avènement de PlantNet ! Cet outil permet d’obtenir des propositions d’identification des plantes sur photo. C’est aussi un outil de saisie de données botaniques, qui pour certaines données, seront amenées à intégrer les bases de données nationales et pourront être utilisées pour diverses études.
INaturalist et Seek
INaturalist et Seek sont deux applications liées, INaturalist offre plus de possibilité pour visualisation des données, mais est plus hostile à l’utilisateur débutant alors que Seek est plus ergonomique. Ces applications disposent d’un module d’aide à l'identification tout comme PlantNet, mais ce dernier s’applique sur tous les taxons (animal, végétal, champignon etc...). Il permet la saisie de données avec un système de validation par la communauté. Son outil de visualisation cartographique est très modulable et permet de faire des filtres en tout genre. Pour les plus mordus de l’informatique, il dispose d’un API pour la récupération automatique des données et des photographies tout autant modulable.
CardObs via CarNat
CardObs est l’outil de saisie de données de associé à l’INPN. Il permet de saisir des taxons qui apparaîtront dans la base de données de l’INPN et dans les chorologies des taxons. Récemment, CardObs a ajouté la possibilité d’ajouter des habitats. C’est donc la première base de données à l’échelle nationale qui permet de le faire. Les données peuvent être saisies sous plusieurs formes :
- Des points
- Des polygones
- Des polylignes
- Des rectangles
- Des cercles (qui seront transformés en hexagone)
L’outil est accessible à tous sur demande d’inscription. Une fois inscrit, il est également possible d’utiliser l’application mobile CarNat. Elle permet la saisie de données sur le terrain dans CardObs. Autrement, CardObs est disponible depuis votre navigateur web. Il est possible d’y faire directement des imports de données sans passer par l’application mobile.
INPN Espèces
INPN Espèces est une autre application de saisie de données de l’INPN. Les données saisies sont d'abord transmises sur la base de données OpenObs puis versées à l’INPN. Cet outil est destiné aux naturalistes expérimentés comme aux débutants. En effet, toutes les données sont vérifiées par un expert désigné par la plateforme. On peut rentrer tout type de taxons et l’application accorde des points en fonction des espèces vues, de l’identification qu’on lui donne ou encore si c’est une découverte pour la commune voire le département. Ce score vient gamifier la saisie de données, la rendant plus ludique.
Qgis et Qfield
Un peu de cartographie ! Qgis est un logiciel open source de cartographie et permet de faire toute sorte de traitement SIG. Ce qui va nous intéresser ici, c’est qu’il est la version ordinateur de Qfield, un logiciel de terrain, et qu’il est nécessaire de paramétrer son projet sous Qgis pour l’utiliser sous Qfield. Qfield permet ensuite toute sorte de saisie de donnée spatialisée. On peut ainsi faire des polygones, des lignes ou des points selon sa position GPS ou directement sur une carte. Il permet aussi de créer des formulaires relativement poussés, de prendre des photos et d'associer toutes ces données saisies à l’entité géolocalisée. C’est avec cet outil que je fais mes relevés dans le cadre de mon bureau d’étude. Cela me permet de saisir mes espèces, de faire des relevés phytosociologiques ou pédologiques et de dessiner mes habitats et d’y associer diverses informations comme le code EUNIS, les espèces dominantes, la fonction écologique etc... Il s’agit en revanche d’un outil un peu plus exigeant et qui nécessite une bonne pratique avant de pouvoir en profiter pleinement. L’avantage est que Qfield en lui-même est facile à utiliser, le plus complexe étant le paramétrage dans Qgis.
Xper 3
Xper 3 est un outil en ligne pour créer des clefs d’identification interactives en open access. Il est aussi possible d'exporter ses clefs en PDF ou au format HTML. Le principe est de définir une liste d'espèces concernées et une liste de critères à observer. On attribue ensuite aux espèces la valeur pour chaque critère. Par exemple, on pourrait avoir le critère du nombre de pétales et on pourrait lui attribuer une ou des valeurs selon les espèces de notre clef. Xper 3 se charge ensuite de tout pour créer votre clef intéractive. Vous pouvez aussi ajouter des images, mettre une hiérarchisation entre les critères, ajouter des descriptions d’espèces etc… Il est possible une fois la clef terminée de faire différentes analyses pour comparer les critères des taxons de la clef. Enfin, l’application mobile biodiversiClés permet de visionner certaines de ces clefs d’identification directement depuis son smartphone.
Il existe évidemment de nombreux autres outils que je n’ai pas présenté ici, mais cela vous fait déjà un bon échantillon de ce qu’il est possible de faire quand on se penche sur les applications mobilisables pour faire de la botanique.
